Esta lista contiene herramientas de productividad con diferentes características: Gestores de Tareas, Aplicaciones de Productividad, Software de Proyectos y diferentes Metodologías. Multiplataforma, gratuitas, privativas, Open Source, en diferentes idiomas. En cada herramienta, he colocado una breve descripción con algunos de estos items.
IceScrum: Software de gestión de proyectos ágiles.

https://www.icescrum.com/
Trello: (adquirido por Atlassian) Gestor de proyectos y organizador de actividades.

https://trello.com/
Kanban Tool: Herramienta para la gestión visual de proyectos - Tablero de control Kanban

https://kanbantool.com/es/
Asana: Es la forma más fácil para que los equipos sigan sus proyectos y tareas.

https://asana.com/
Taiga: Es una plataforma de gestión de proyectos para desarrolladores y diseñadores ágiles y gerentes de proyectos. Gratis. Open Source.

Algunas herramientas de Taiga:
Melé: (SCRUM) Scrum es una metodología de desarrollo de software ágil iterativo e incremental para administrar el desarrollo de productos.
Kanban: (La metodología Kanban se usa para dividir el desarrollo del proyecto (cualquier tipo de proyecto) en etapas.)
Epics multiproject: (metodologías ágiles) Epic es "un gran objeto que contiene User Stories que puede servir para agrupar esos Stories y planificar estratégicamente en varios proyectos".
https://taiga.io/
KanbanFlow: Herramienta de gestión de proyectos Lean.

Preguntas frecuentes:
¿Hay un límite de tiempo para la versión gratuita?
No. Puedes usarlo todo el tiempo que quieras.
https://kanbanflow.com/
Wekan: El kanban de código abierto tipo Trello.

Permite crear Tableros, en los cuales las Tarjetas se pueden mover entre varias Columnas. Los tableros pueden tener muchos miembros, lo que permite una fácil colaboración, solo agregue a todos los que deberían ser capaces de trabajar con usted en el tablero, ¡y listo!
Requisitos: https://github.com/wekan/wekan/wiki/Requirements
https://wekan.github.io/
Kanbanize: Kanbanize es una combinación de tableros Kanban flexibles.

https://kanbanize.com/plans-pricing/
LeanKit: Es una herramienta visual de entrega de proyectos que permite a los equipos de todo tipo y en todos los niveles de la organización aplicar los principios de gestión Lean a su trabajo.

https://leankit.com/
OpenErp (formalmente Odoo): Completo sistema de gestión empresarial (ERP) de código abierto y sin coste de licencias.

http://openerpspain.com/
Stride: La comunicación del equipo. Stride les permite a los equipos hablar menos y hacer más. Multiplataforma.

Productos para equipos: https://www.atlassian.com/software
https://www.stride.com/
Kanbanchi: Es la única herramienta gratuita de software en línea para la gestión de tareas, la gestión de proyectos y la colaboración en equipo para G Suite.

https://www.kanbanchi.com/
Kanboard: Es un software de gestión de proyectos Kanban de fuente abierta y gratuita.

https://kanboard.org/
Todoist: Gestión de tareas y proyectos. Online. Offline. Y en +10 plataformas.

https://todoist.com/
Any.do: Gestor de listas y tareas.

https://www.any.do/
Wunderlist: Gestor de tareas. Multiplataforma (-linux)

https://www.wunderlist.com/es/
Zim: Un Wiki de escritorio. Plataforma Linux y Windows. Este programa es software libre; Licencia Pública General de GNU (GPL) versión 2 o superior.

http://zim-wiki.org/
Remember The Milk: Administrador de tareas. Aplicaciones para la web, Mac, Windows, Linux, iPhone, iPad, teléfonos y tabletas Android, BlackBerry 10 y Fire.

https://www.rememberthemilk.com/
Para escribir este artículo utilicé 3 herramientas: Zim , FocusWriter y Bluefish.